A、每种原子都有自己的特征谱线，故可以根据原子光谱来鉴别物质，所以A正确；

B、卢瑟福α粒子散射实验可以说明原子具有核式结构故B正确；

C、汤姆孙对阴极射线本质的研究采用的主要方法是：让阴极射线通过电磁场，通过偏转情况判断其电性，结合平抛运动与圆周运动的公式即可计算其比荷所以C正确；

D、底片上会出现完整的衍射图案，这体现了电子的波动性，但单个电子通过后，不会形成完整的图像；

E、核反应过程虽质量亏损，但即遵循动量守恒规则，又遵循能量守恒规则，故E错误。