A错误，只有叶绿体在光反应时能产生NADPH，线粒体不能产生；

B正确，线粒体和叶绿体中都含有少量DNA和RNA以及核糖体，自主表达时能合成组成自身的一部分蛋白质；

C错误，线粒体和叶绿体都能产生ATP，但只有线粒体产生的ATP能释放进入细胞质基质中，叶绿体在光反应阶段合成的ATP用于其暗反应，都是在叶绿体内；

D错误，在自养需氧型生物的细胞中不一定有线粒体和叶绿体，如蓝藻和硝化细菌。

所以选B