全国人民代表大会是最高国家权力机关，全国人大拥有立法权、决定权、任免权、监督权，在全国人大闭会期间，全国人大常委会可以代为行使职能。因此特赦必须先由全国人大或全国人大常委会依法做出决定，即①；其次中华人民共和国主席是中国国家元首，国家主席的基本职权包括公布法律、任免权、发布特赦令、荣典权，因此全国人大决定后要由国家主席以主席令的方式发布特赦令，即③；人民法院是我国的审判机关，人民检察院是我国的法律监督机关，特赦令颁布后，应由人民法院裁定，人民检察院予以监督，即②；政府是国家权力机关的执行机关。司法行政机关，是政府对司法工作进行行政管理的专门机关，公安机关是人民政府的重要组成部分，因此特赦令最后要由司法行政机关和公安机关予以执行，即④。因此D符合题意，ABC排除。故选D。