A错误，胚芽生长所必需的营养物质来自胚乳，不来自环境；

B错误，有活力的种子也不能进行光合作用，不能通过光合作用合成有机物不是种子死亡的原因；

C错误，细胞呼吸产生的能量，一部分以热能的形式散失，一部分储存在ATP中，为细胞的生命活动提供能量；

D正确，小麦种子一直浸没在无菌水中，氧气不足，细胞进行无氧呼吸产生酒精对种子有毒害作用。

所以选D