细胞器的分离方法用的是差速离心。原理是根据颗粒大小和密度的不同存在的沉降速度差别，分级增加离心力，从而依次分离出不同的细胞器，故A正确。核仁是核糖体形成有关的结构，但核仁不是细胞器，故B错误。细胞呼吸消耗水在有氧呼吸的第三阶段，而有氧呼吸的第三阶段场所位于线粒体内膜，不是线粒体基质，故C错误。生物膜系统是指由细胞膜、细胞核膜以及细胞器膜等等，在结构和功能上是紧密联系的统一整体，D选项漏掉细胞膜，不全面，故D错误。