A正确，该环状多肽由39个氨基酸形成，其所含肽键数=氨基酸数目=39个；

B正确，组成蛋白质的氨基酸约有20种，该环状多肽由39个氨基酸形成，则该环状多肽至多有20种氨基酸；

C正确，每条链状肽至少含有0个游离的羧基，该环状肽中含有4个谷氨酸（R基为一CH2一CH2一COOH），即其R基中至少含有4个羧基，因此该环状肽至少含有的游离羧基=0+4=4个；

D错误，该环状多肽含有39个肽键，每个肽键含有1个O原子，且该环状多肽因含有4个谷氨酸（R基为一CH2一CH2一COOH）至少含有4个游离的羧基，因此含有的O原子数最少是39+4×2=47个。

所以选D