A错误，细胞质基质是进行细胞呼吸的第一阶段的场所，产生少量ATP，不能为细胞代谢提供大量ATP，大量能量是在第三阶段产生的；

B正确，细胞膜上的糖蛋白在细胞间的识别中发挥重要作用；

C正确，分泌蛋白合成与分泌过程：核糖体合成蛋白质→内质网进行粗加工→高尔基体进行再加工形成成熟的蛋白质→细胞膜，整个过程还需要线粒体提供能量，因此分泌蛋白的加工、转运与膜性细胞器有关；

D正确，细胞结构是与功能相适应的，细胞只有保持结构和功能的完整性才能完成正常的生命活动，细胞结构被破坏将大大缩短其寿命。

所以选A