生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合属于基因重组，A正确。一般情况下，水稻雄蕊内可发生基因重组，根尖进行的是有丝分裂，不能发生基因重组，B正确。减数分裂过程中，非同源染色体上的非等位基因自由组合可导致基因重组，C正确。减数分裂过程中，同源染色体的非姐妹染色单体之间的局部交换，可导致基因重组，D不正确。故选D。