①细胞内的生物膜均具有磷脂双分子层与蛋白质构成的膜结构，正确;

②ATP是所有细胞可直接利用的能源物质，正确;

③都以核糖体作为蛋白质合成的机器，正确;

④细胞的遗传物质都是脱氧核糖核酸，正确;

⑤所有生物共用一套密码子，正确;

⑥细胞是一切生物的功能基础，正确。所以D符合题目要求。