A项错误，健那绿为线粒体的活体染色剂，观察线粒体时，由于线粒体本事无色，不便于观察，需要染色，被健那绿染成蓝绿色，但是叶绿体也有颜色，会干扰对线粒体的观察。B项错误，自变量为PH值，为我们改变的条件，C项错误，因为过氧化氢本身会随着温度的升高，分解加快，探究温度对酶活性的影响，不能选择过氧化氢，D项正确，DNA主要存在细胞核，会被甲基绿染色成绿色，而RNA主要存在细胞质，会被吡罗红染色成红色。