句意：无论他们种什么，都要确保丰收过后在地里留下的东西能变成来年庄稼的天然肥料。通过对句子分析可知，句子的前半部分为让步状语从句，用whatever引导；they make sure (that)后引导的是宾语从句，而宾语从句内含一个主语从句，即“___is left…becomes a natural fertilizer…”空格处在该主语从句中充当宾语，而what恰好既可作引导词也可在从句中充当句子成分；而that只作引导词不能在从句中充当任何成分。 故C正确。