依据题干要求“认识的变化”，结合材料“当时人最痛心的是五口通商”、“协定关税和治外法权是近年来所认为不平等条约的核心”可知，有识之士经历了从痛心“贸易主权”到认识到“关税主权和治外法权”是不平等条约核心的认知变化。A项错误；C项，虽然1938年中国处于抗日战争的严重民族危机时期，但材料所述是关于对国家核心主权的认知变化，不符合题干和材料要求；B项，从材料中“不平等条约的核心”可知，随着社会的发展，有识之士对近代不平等条约体系的认识有了深刻的变化，并不止是因为协定关税和治外法权的影响。故D项正确。