A、温度、体积相同条件下，影响气体分子数目的因素有压强，压强不一定相等，则两气体的物质的量不一定相等，二者都是双原子分子，故含有的原子数目不一定相等，故A错误；

B、压强、体积相同条件下，影响气体分子数目的因素有温度，二者所处温度不一定相等，则原子数不一定相等，故D错误；

C、体积和密度相等，则两气体的质量相等，由于摩尔质量相等，则两者的物质的量相等，二者原子数之比为1：3，故含有原子数目之比为1：3，故C错误；

D、氮气和一氧化碳的摩尔质量相等，质量相等时物质的量相等，二者都是双原子分子，故原子数一定相等，故B正确；

故选D．