∵f（x+6）=f（x），

∴f（x）是以6为周期的函数，

又当﹣1≤x＜3时，f（x）=x，

∴f（1）+f（2）=1+2=3，f（﹣1）=﹣1=f（5），f（0）=0=f（6）；

当﹣3≤x＜﹣1时，f（x）=﹣（x+2）2，

∴f（3）=f（﹣3）=﹣（﹣3+2）2=﹣1，

f（4）=f（﹣2）=﹣（﹣2+2）2=0，

∴f（1）+f（2）+f（3）+f（4）+f（5）+f（6）=1+2﹣1+0+（﹣1）+0=1，

∴f（1）+f（2）+f（3）+…+f（2012）

=[f（1）+f（2）+f（3）+…+f（2010）]+f（2011）+f（2012）

=335×1+f（1）+f（2）

=338.

故选：B.